Запятая под номером 1 разделяет части: «Если мама задерживалась» и «Колька и отец чувствовали себя какими-то удивительно неустроенными», связанные подчинительной связью. Запятая под номером 2 разделяет части: «Колька и отец чувствовали себя какими-то удивительно неустроенными» и «словно они сидели на вокзале в ожидании поезда», связанные подчинительной связью. Запятая под номером 3 разделяет части: «словно они сидели на вокзале в ожидании поезда» и «который опаздывал и неизвестно когда должен был прийти», связанные подчинительной связью.

Ответ: 1, 2, 3.