Клеточная теория включает следующие основные положения:
  — Клетка  — элементарная единица живого, способная к самообновлению, саморегуляции и самовоспроизведению, являющаяся единицей строения, функционирования и развития всех живых организмов.

  — Клетки всех живых организмов сходны по строению, химическому составу и основным проявлениям жизнедеятельности.

  — Размножение клеток происходит путем деления исходной материнской клетки.

  — В многоклеточном организме клетки специализируются по функциям и образуют ткани, из которых построены органы и их системы, связанные между собой межклеточными, гуморальными и нервными формами регуляции.

Для приведения клеточной теории в более полное соответствие с данными современной клеточной биологии список её положений часто дополняют и расширяют:
— Клетки прокариот и эукариот являются системами разного уровня сложности и не полностью гомологичны друг другу.
— В основе деления клетки и размножения организмов лежит копирование наследственной информации  — молекул нуклеиновых кислот («каждая молекула из молекулы»). Положения о генетической непрерывности относится не только к клетке в целом, но и к некоторым из её более мелких компонентов  — к митохондриям, хлоропластам, генам и хромосомам.
— Клетки многоклеточных обладают генетическими потенциями всех клеток данного организма, = значны по генетической информации, но отличаются друг от друга разной экспрессией (работой) различных генов, что приводит к их морфологическому и функциональному разнообразию  — к дифференцировке.