Вставим пропущенные буквы и объясним орфограммы.
Стая чёрных туч поб(1)ежала с решит(2)ельной мрачностью нападения и задавила единственный густо-син(3)ий просвет на неб(4)е. Стало с(5)иротливо и холодно. Вспарх(6)ивая без крика, встр(7)евож(8)енные птиц(9)ы пол(10)етели низко над землёй.

Побежала  — проверяемый корень, бег.
Решительной  — суффикс «тельн» имени прил.
Густо-синий  — в окончании им. прил. м. р. в Им. п. возможны только «ий/ый» или «ой».
На небе  — у сущ. ср. рода ед. ч. в Пр. падеже. пишется «е».
Сиротливо  — непроверяемый корень с точки зрения современных словарей. Однако этимологически проверить можно: есть такое слово «сирый», оно устаревшее, но значит «оставшийся сиротой; осиротевший».
Вспархивая  — суффикс «ива» глагола, проверяется постановкой в 1 лицо.
Встревоженные  — непроверяемый корень; суффикс «енн» причастия.
Птицы  — в окончаниях сущ. после ц пишется ы.
Полетели  — проверяемый корень, полёт.

Ответ: 356.