Приведем верное написание:

[Татьяна Афанасьевна подала брату знак, (что больная хочет уснуть), и, (когда все потихоньку вышли из светлицы), снова села за прялку].
Чтсобы убедиться в том, что запятые стоят верно, уберём все придаточные вместе с их запятыми.
[Татьяна Афанасьевна подала брату знак и снова села за прялку].

Запятые 1 и 2 выделяют придаточное предложение «что больная хочет уснуть».
Запятые 3 и 4 выделяют придаточное предложение «когда все потихоньку вышли из светлицы».

Запятые должны стоять на местах 1, 2, 3 и 4.